Անկախությունից հետո Հայաստանում ձևավորվող քաղաքական ու տնտեսական նոր հարաբերությունները պահանջում էին պետական ֆինանսատնտեսական համակարգի ստեղծում, որն ունակ կլիներ ազատական տնտեսության պայմաններում պահպանել պետության և հասարակության շահերը: Միաժամանակ, անհրաժեշտ էր ֆինանսական վերահսկողության սկզբունքները, մոտեցումները կենսագործելու համար ստեղծել օրենսդրական նոր դաշտ: Այդպիսի ինստիտուտ դարձավ Հայաստանի Հանրապետության Ազգային ժողովի վերահսկիչ պալատը` իբրև պետական ֆինանսական վերահսկողության նոր համակարգ: Արտաքին պետական վերահսկողություն իրականացնող այդ կառույցը հիմնադրվեց 1996թ. մայիսի 29-ին:

 ՀՀ Ազգային ժողովի վերահսկիչ պալատի խնդիրներն էին` իրականացնել բազմակողմանի և մասնագիտական վերահսկողություն պետական եկամուտների և միջոցների արդյունավետ ծախսման նկատմամբ՝ ապահովելով դրանց օգտագործման թափանցիկությունը: ՀՀ ԱԺ վերահսկիչ պալատի մյուս կարևորագույն գործառույթը ԱԺ ներկայացված հաշվետվությունների վերլուծությունն էր:

Հայաստանի վերահսկիչ պալատը ձևավորվել էր Ազգային ժողովի կողմից և հաշվետու էր երկրի օրենսդիր մարմնին: Պալատը Ազգային ժողով էր ներկայացնում կիսամյակային տեղեկանքներ, վերահսկողության վերաբերյալ ընթացիկ հաշվետվություններ, պալատի գործունեության տարեկան ծրագիրն ու հաշվետվությունը` հրապարակային դարձնելով իր ուսումնասիրության արդյունքները:

ՀՀ ԱԺ վերահսկիչ պալատի գործունեության սկզբունքներն էին` անկախությունը, կոլեգիալությունը և հրապարակայնությունը:

Այն իր գործունեությունն իրականացնում էր ինքնուրույն, պետական իշխանության մարմիններից անկախ՝ առաջնորդվելով Լիմայի հռչակագրի, ինչպես նաև INTOSAI (Ֆինանսական վերահսկողության գերագույն ատյանների միջազգային կազմակերպություն) սկզբունքներով: Քանի որ ՀՀ ԱԺ վերահսկիչ պալատը բացարձակապես նոր կառույց էր, նրա առաջին քայլերն ուղղված էին պալատի կառուցվածքային-գործառնական ստորաբաժանումների, մասնագիտական վարչությունների, գործունեության ոլորտի սահմանմանը: Ազգային ժողովում հաստատված կանոնադրության համաձայն` Վերահսկիչ պալատի կազմում գործում էին վերահսկողական չորս բաժիններ` պետական բյուջեի, սեփականաշնորհման և ապապետականացման, արտասահմանյան փոխառությունների և վարկերի, ամփոփ-վերլուծական և տեղեկատվական-մեթոդաբանական: Հետագայում կանոնադրական փոփոխություններով Վերահսկիչ պալատի բաժինների թիվն ավելացվեց մեկով` համայնքների բյուջեների վերահսկողության բաժնով:

Հատկանշական է, որ ՀՀ ԱԺ Վերահսկիչ պալատը 1998 թվականին անդամակցեց INTOSAI-ն (բարձրագույն աուդիտի միջազգային կազմակերպություն), 2000 թվականին՝ EUROSAI-ն (եվրոպական երկրների բարձրագույն աուդիտի կազմակերպություն): 2007 թվականին Վերահսկիչ պալատը դարձավ նաև ASOSAI (ասիական երկրների բարձրագույն աուդիտի կազմակերպությանը) լիիրավ անդամ:

2002-2007թթ. ընթացքում ՀՀ ԱԺ վերահսկիչ պալատում տեղի ունեցան մի շարք կարևոր իրադարձություններ. ՀՀ պետական բյուջեի ծախսային մասը սկսեց վերահսկվել 54,6%-ով,` նախկին 20%-ի փոխարեն, ՌԴ հաշվիչ պալատի հետ ՀՀ ԱԺ ՎՊ իրականացրեց համատեղ ստուգումներ, ՀՀ ԱԺ վերահսկիչ պալատը անդամակցեց INTOSAI շրջանակներում գործող Բնապահպանական աուդիտի աշխատանքային խմբին, ակտիվացրեց համագործակցությունը միջազգային կազմակերպությունների հետ, որի արդյունքում մշակվեցին արտաքին պետական վերահսկողության ոլորտային ստանդարտներ և ֆինանսական և արդյունավետության վերահսկողության ձեռնարկներ:

Սահմանադրական փոփոխությունների արդյունքում առաջացավ «ՀՀ վերահսկիչ պալատի մասին» նոր օրենքի անհրաժեշտություն. 2006 թվականի դեկտեմբերի 25-ին Ազգային ժողովն ընդունեց պալատի մասին նոր օրենք, որը վավերացվեց 2007 թվականի հունիսի 9-ին և ուժի մեջ մտավ ՀՀ Սահմանադրության 83.4 հոդվածն ուժի մեջ մտնելուն հաջորդող տասներորդ օրվանից` 2007 թվականի նոյեմբերի 5-ին:

ՀՀ վերահսկիչ պալատը, որը ՀՀ ԱԺ վերահսկիչ պալատի իրավահաջորդն է, նախորդի համեմատությամբ ուներ մի շարք առանձնահատկություններ, որոնք վերաբերում էին պալատի կարգավիճակին, գործառույթներին, իրավասություններին. ՎՊ նախագահը նոր օրենքով նշանակվում էր ՀՀ նախագահի առաջարկությամբ` ԱԺ-ի կողմից, 6 տարի ժամկետով, իսկ ՎՊ խորհուրդը, բացի նախագահից և տեղակալից, բաղկացած էր ևս 5 անդամներից: Եթե նախկինում Ազգային ժողովը հաստատում էր ՎՊ տարեկան ծրագիրն ու հաշվետվությունը, ապա նոր օրենքով` գործունեության տարեկան հաշվետվությունը ընդունում էր ի գիտություն, իսկ ծրագիրը, ինչպես և նախկինում, հաստատվում էր ԱԺ-ի կողմից:

Նոր օրենքի պահանջներից ելնելով` պալատում կատարվեցին կառուցվածքային փոփոխություններ. վարչությունները վերակազմավորվեցին ոչ թե նախկինի նման ոլորտային, այլ գործառնական սկզբունքներով, ավելացան նոր ստորաբաժանումներ:

2015 թվականի սահմանադրական փոփոխություններով մեկնարկեց ՀՀ բարձրագույն աուդիտի մարմնի՝ հաշվեքննիչ պալատի զարգացման երրորդ՝ արդի, փուլը:  2018 թվականի հունվարի 16-ին Ազգային ժողովն ընդունեց «Հաշվեքննիչ պալատի մասին» ՀՀ օրենքը, որը ուժի մեջ մտավ 2018 թվականի ապրիլի 9-ին:

Եթե նախկինում Վերահսկիչ պալատին տրված էր վերահսկողական մանդատ, ապա Հաշվեքննիչ պալատը ստանձնեց արտաքին պետական աուդիտի՝ հաշվեքննության մանդատ, որը պետք է համահունչ լինի INTOSAI կողմից ընդունված ստանդրատներին՝ ISSAI-ներին:

Նոր սահմանադրական փոփոխություններն էլ ավելի բարձրացրին Պալատի անկախությունը. եթե նախկինում Ազգային ժողովը հաստատում էր Պալատի գործունեության տարեկան ծրագիրը, ապա նոր օրենքով` գործունեության տարեկան ծրագիրը հաստատվում է ՀՊ-ի կողմից: Այսուհետև Հաշվեքննիչ պալատի նախագահին և անդամներին Ազգային ժողովի իրավասու մշտական հանձնաժողովի առաջարկությամբ ընտրում է Ազգային ժողովը՝ պատգամավորների ընդհանուր թվի ձայների առնվազն երեք հինգերորդով, 6 տարի ժամկետով:

Եթե նախկինում Վերահսկիչ պալատը կազմված էր նախագահից, տեղակալից, խորհուրդից, ապա Հաշվեքննիչ պալատը կազմված է նախագահից և 6 անդամից:

Գործառութային իրավասությունների բարձրացման առումով հատկանշական էր օրենքով հաշվեքննության օբյեկտներին պատկանող պետական բյուջեի և համայնքային բյուջեների միջոցներին, ստացված փոխառություններին ու վարկերին, պետական և համայնքային սեփականության օգտագործմանն առնչվող էլեկտրոնային շտեմարանների առցանց հասանելիության պահանջը:

Առաջին անգամ օրենքում ամրագրվեցին մասնագիտական այնպիսի չափորոշիչներ, ինչպիսիք են՝ գործունեության ծրագրի կազմման համար հիմք հանդիսացող ռիսկերի վրա հիմնված մեթոդաբանությունը, էթիկայի կանոնները, ինչպես նաև որակի կառավարման համակարգի գործառույթի մեթոդաբանությունը: